在北元帝国
时代，除了今天属于内蒙古的呼伦贝尔岭西地区之外，还包括贝加尔湖以东、以石勒喀河两岸为核心直至黑龙江中上游的今属俄罗斯之山河大地，以及蒙古国东方省大部之丰美草原。
十七世纪初，北元帝国步入了历史转折期，面临着走向毁灭的最后关头。自图门可汗时代(1558—1592年在位)以来，北元帝国内部矛盾重重，虽然异姓贵族的挑战已被大大减弱(仅在四卫拉特部存在)，蒙古本部均处于巴图孟和达延汗后裔统治之下，但诸部落内经长期内战已形成巨大的离心力，削弱了北元帝国的内部团结与发展动力。在北元帝国周围，国际环境险象环生。
南部的明帝国，仍保持二百多年来与北元帝国的时战时和状态，长期的对峙与战争状态，削弱了北元与明两帝国的国家力量。东南部新崛起的后金帝国，利用北元与明两帝国的长期对峙，积聚了崛起的力量，日益占据了有利的战略态势。更东南方是日渐衰落的李氏朝鲜王国，在后金的打击下，李氏朝鲜王国失去了制衡后金的力量，李氏朝鲜王国在远东政治中的份量大为减弱。对马海峡外的日本，仍处于内部调整阶段，其海禁政策限制了日本国力的外张。西南方，是成吉思汗帝国遗产之一——东察合台汗国，经过乌孜别克系蒙古诸汗国的屡次东征，削弱了东察合台汗国的力量，其对明帝国、北元帝国的影响力大可忽略不计。
在西方，是蒙古异姓贵族统治的四卫拉特联盟，名义上仍从属于北元帝国大可汗，实则独立性日渐加强。在北方，是从属于北元帝国的“林木中百姓”(包括今天的巴尔虎、布里亚特蒙古诸部及通古斯语系诸部)，北元帝国对这一地区的控制力日渐松驰。俄罗斯帝国的东扩战略已深入东西伯利亚，北元帝国的北疆防线名存实亡，大批哥萨克探险队来到了北元帝国的北大门。面对如此内忧外患的形势，北元帝国走到了历史的尽头。
北元帝国末年的呼伦贝尔，在战略意义上是北元帝国的重要大后方。当时生活着诸多哈布图哈萨尔系、帖木哥·斡惕赤斤系、别勒古台系黄金家族贵族统领的蒙古部落，这些战略力量对北元帝国的稳定、发展等等生死存亡起到决定性作用。在包括今天俄罗斯联邦石勒喀河流域、贝加尔湖周围，今天蒙古国东方省大部，中国呼伦贝尔岭东岭西地区的辽阔土地上，生活着日后广布于今天中国蒙古游牧世界的诸部落。如：嫩科尔沁部、阿鲁科尔沁部、乌拉特部、茂明安部、四子部、杜尔伯特部、郭尔罗斯部、扎赉特部(以上均为哈布图哈萨尔后裔统领)，如：翁牛特部(帖木哥·斡惕赤斤后裔统领)，阿巴嘎部、阿巴哈纳尔部(别勒古台后裔统领)，此外，还有内喀尔喀五部——乌巴锡卫征统领的扎鲁特部、苏巴海统领的巴林部、乌班贝玛多克新统领的鸿吉拉特部、索宁岱青诺延统领的巴岳特部、舒哈克卓哩克图鸿巴图尔统领的乌济叶特部；此五部为巴图孟和达延汗的后裔，代表了北元帝国汗庭的中坚力量。说明在当年的呼伦贝尔，蒙古诸部、黄金家族诸系均有分布，是北元帝国的缩影。
林丹可汗于1604年继北元帝国大汗汗位，开始了他统一蒙古诸部的长期战争。这一战争时而表现为明——北元之间的战争，时而表现为北元——后金之间的战争，时而表现为林丹可汗为一方的北元中央政府与地方各割据势力之间的战争，在沙皇俄国日益东进的威胁下，北元全帝国呈现出矛盾日益加剧、内耗增多、外敌不断涌现的危机。到1634年，蒙古民族的抗清英雄林丹可汗病逝于青海大草滩时，北元帝国终于抒写了自己的最后一笔。呼伦贝尔地区的各蒙古部落，其贵族、其行政管理机构、其十进制的军事机构相继离开了包括今天俄罗斯联邦石勒喀河流域、贝加尔湖周围，今天蒙古国东方省大部，中国呼伦贝尔岭东岭西地区的辽阔土地。生活在这片辽阔土地上的蒙古人，便主要以巴尔虎、布里亚特蒙古人为主了，这两个部落融合了遗留在故土的其他诸部蒙古人。
昔日呼伦贝尔草原的诸部蒙古人其下落，嫩科尔
沁部迁往嫩江流域、阿鲁科尔沁部迁往昭乌达地区、乌拉特部迁往阴山北麓、茂明安部迁往河套北岸、四子部迁往乌兰察布地区，杜尔伯特部、郭尔罗斯部、扎赉特部等部随嫩科尔沁部迁往嫩江；翁牛特部迁往昭乌达地区，阿巴嘎部、阿巴哈纳尔部迁往锡林郭勒地区；内喀尔喀五部——乌巴锡卫征统领的扎鲁特部迁往哲里木地区、苏巴海统领的巴林部迁往昭乌达地区，乌班贝玛多克新统领的鸿吉拉特部消失在今天蒙古诸部中，索宁岱青诺延统领的巴岳特部消失在今天蒙古诸部中，舒哈克卓哩克图鸿巴图尔统领的乌济叶特部消失在今天蒙古诸部中。
北元帝国末年的呼伦贝尔地区，成为了今天中国蒙古族各部的重要摇篮。
